唯品会自营店和旗舰店各有优势。这些商店销售的商品都是正品，但在服务方面，唯品会自营店会更好。此外，在优惠力度方面，唯品会自营店也更好。
唯品会自营店是唯品会购买的商品在货架上销售，旗舰店是品牌开设的商店。这两类商店销售的商品都有正品保证，可以放心购物。
然而，唯品会自营店的售后服务可能会更加完善和直接，因为平台负责自营店的采购、销售、交付和售后工作，所以平台人员会直接连接商品的处理。旗舰店的货物由旗舰店提供，售后服务由旗舰店的工作人员负责。只有旗舰店客户服务无法处理的情况才会移交给平台客户服务，这将更加麻烦。
唯品会自营店的优惠力度可能高于旗舰店，所以旗舰店与官网形象挂钩，所以价格不会随意大打折；但是自营店是平台管理的，优惠折扣可以调整。但是旗舰店的服务和优惠力度也很好，两类店之间的差距不是很大。大多数情况下，唯品会自营的产品会比旗舰店便宜5%~10%左右。